L’etiquetage morpho-syntaxique est une tâche fondamentale du Traitement Automatique de la Langue, sur laquelle reposent souvent des traitements plus complexes tels que l’extraction d’information ou la traduction automatique. L’etiquetage en domaine de specialite est limite par la disponibilite d’outils et de corpus annotes specifiques au domaine. Dans cet article, nous presentons le developpement d’un corpus clinique du francais annote morpho-syntaxiquement a l’aide d’un jeu d’etiquettes issus des guides d’annotation French Treebank et Multitag. L’analyse de ce corpus nous permet de caracteriser le domaine clinique et de degager les points cles pour l’adaptation d’outils d’analyse morpho-syntaxique a ce domaine. Nous montrons egalement les limites d’un outil entraine sur un corpus journalistique applique au domaine clinique. En perspective de ce travail, nous envisageons une application du corpus clinique annote pour ameliorer l’etiquetage morpho-syntaxique des documents cliniques en francais.